Cologne Spring Meeting 2009: The Variable Genome
Ja, letzte Woche, vom 18. bis 20. März, war mal wieder das alljährliche Cologne Spring Meeting – und ich war auch da, zumindest am Mittwoch. Thema dieses Jahr war The Variable Genome. Dieses Jahr stehen die Themen natürlich auch unter dem Schatten des Darwin-Jahres. Aufgefallen bei den Vorträgen ist mir vor allem, dass fast alle mittlerweile mit 454-Sequencing arbeiten. Mittwochs gings dann um The Impact of New Technologies in Genomics.
Zunächst hat Dr. Richard Durbin, ein ziemlich bekannter Bioinformatiker vom Trust Sanger Institute, einen Vortrag über “Studying human genetic variation by whole genome sequencing” gehalten. Dabei gings vor allem um das 1000 Genomes Project, 2009 sollen hier bereits 3 Populationen je 400 Menschen sequenziert worden sein. Besonders interessant, dass man anhand der genetischen Information (es wurde vor allem die Variation betrachtet, SNPs, das Finden einer korrekten Sequenz stand nicht im Mittelpunkt) und einen Hidden Markov Models Wanderungsbewegungen und Falschenhälse der Vergangenheit identifizieren kann.
Dann hat noch Adrian Briggs in Vertretung für Sven Pääbo, vom Max Planck Institut für evolutionäre Anthropologie, einen sehr interessanten Vortrag “A Neadertal perspective on human origins” gehalten. Hier wurde aus verschiedenen Neadertaler-Knochen Proben entnommen und nach aufwändigen Reinigungs-, Filter- und Rekonstruktionsprozessen stark fragmentierte DNA gewonnen, die man tatsächlich noch sequenzieren konnte.
Am spannendsten fand ich persönlich den Vortrag von Stephan C. Schuster, von der Pennsylvania University, “Genomics of extinct und endangered species”. Zunächst wurden hier eine ausgestorbene Tierarten sequenziert, Tylacine, Mammuts, Whooly Rhino und Moa. Realsiert wurde das ganze über Haare, Horn und /oder Hufe, die man aus Museen bekam. Es konnte z.B. festgestellt werden, dass es wohl zwei Unterarten von Mammuts gab, die sich morphologisch wohl nicht trennen ließen. Zuletzt wurde dann noch das Tasmanian Devil Sequencing Project vorgestellt. Die vom Aussterben bedrohten Tasmanischen Teufel leiden unter der bislang mysteriösen Devil facial tumour disease, deren Ursachen lange Zeit unbekannt und umstritten waren. Die Population wurde in den letzten Jahren dadurch beträchtlich dezimiert. DFTD ist nach neusten Erkenntnissen eine übertragbare, parasitäre Krebserkrankung, was eine Seltenheit gibt, denn es gibt daneben nur noch einen anderen bekannten übertragbaren Krebs. Die Ergebnisse der Sequenzierung legen laut Schuster nahe, dass die Ursache für die rasche Verbreitung ein Mangel an genetischer Diversität ist, der die Tiere anfällig macht. Außerdem fanden sie Subpopulationen, die eine höhere Diversität aufweisen und gegen DFTD eine gewisse Resistenz aufweisen. Demnach seien die Chancen gut, dass DFTD nicht alle Tasmanischen Teufel befallen wird und ein Fortbestand der Art möglich ist. Außerdem wurde die Vermutung geäußert dass es sich hierbei um eine natürliche Populationsschwankung handeln könnte, die in einer bestimmten Frequenz auftritt.
Tuz - Im nächsten Linux Kernel löst er einmalig den Pinguin ab.
Nebenbei will auch Linus Torvalds auf das Schicksal der Tasmanischen Teufel aufmerksam machen, so soll im Linux Kernel 2.6.29 der Tasmanische Teufel unter den Namen Tuz die Funktion des Linux Maskottchen übernehmen, der bereits auf der Linux Konferenz in Australien als Maskottchen gedient hat. Aufällig ist hier der aufgesetzte Pappschnabel, der als Metapher für das durch DFTD entstellte Gesicht des Tasmansichen Teufels dienen soll.
Für ein wenig Schmunzeln in der anschließenden Fragerunde sorgte das Auftreten des Intelligent-Design-Anhängers Wolf-Ekkehard Lönnig, der versuchte, die Belege für die Kälteanpassung der Mammuts in Frage zu stellen.
Britischer Autor zeigt Errungenschaften seiner Tiefseeexpedition
Nach zwei weiteren Vorträgen, las zum Schluss noch der britische Autor Redmond O’Hanlon aus seinem Buch “Trawler” und zeigte ein paar Dias seiner Tiefseeexpedition.
Gerne hätte ich mir noch Donnerstags und Freitags ein paar Vorträge angehört, aber dafür fehlte mir leider die Zeit.